用GC-MS聯(lián)用儀分析各種配方得到的煙氣，了解煙氣成分的組成。日本香煙專(zhuān)賣(mài)公司研究部門(mén)將香煙使用的香料的質(zhì)譜圖存在計算機內，將各種配方的煙氣質(zhì)譜圖與之對比，可以很快篩選配方，制造不同香型的香煙。不同牌號的香煙都有各自特有的煙氣質(zhì)譜圖（“指紋圖”) ，以此可以作為鑒定香煙真偽的依據。
　　利用GC-MS聯(lián)用儀可以分析和研究煙氣中的有害成分，并為研制香煙過(guò)濾嘴提供科學(xué)根據。
b ．用于飲料和酒類(lèi)成分研究

　　在飲料和酒類(lèi)成分的研究中，主要是使用GC-MS 聯(lián)用儀分析和研究它們的主要成分，并利用GC-MS 的“指紋”圖來(lái)鑒別名酒的真偽。
　　酒中的一些有害成分也可以用GC-MS 聯(lián)用儀監測。如酒中的強致癌物-氨基甲酸乙酯就可以用同位素稀釋質(zhì)譜法測定。
c ．油脂化學(xué)中的應用

　　食用油脂全部來(lái)自天然物（動(dòng)、植物），成分十分復雜，有機質(zhì)譜儀是對其組分進(jìn)行分析和研究的重要手段。
　　油脂中含有很多不飽和脂肪酸酷，雙鍵的位置很難直接測定，可采用衍生化法，使雙鍵與已知基團加成，然后再用衍生物的質(zhì)譜碎片離子的質(zhì)量及強度來(lái)判斷雙鍵的位置。
　　用硅烷化衍生后作質(zhì)譜分析，可以研究脂肪酸甘油醋中單醋、雙醋和三醋的情況；對于構成甘油脂的不同脂肪酸，可用水解后甲醋化，再用GC-MS 分析。
d ．食品添加劑研究
　　在食品添加劑研究中主要是用有機質(zhì)譜儀分析和研究天然食品添加劑的組成和構成，并以此來(lái)指導人工合成食品添加劑的研制。如從胡椒的揮發(fā)油中找到具有強烈胡椒味的色譜峰，通過(guò)GC-MS 分析，得到此化合物分子式為C₉H₁₄N₂O；通過(guò)其碎片離子分析，結合IR 和¹H-NMR 數據確定該化合物為2-異丁基-3-甲氧基吡嗪。經(jīng)人工合成，在一大游泳池中，滴加一滴人工合成物，就可以使全池水具有強烈胡椒味。